En 1940 el club es federado por segunda vez en la Federación Regional Sur, durante los años 40 y 50 pasa por diferentes categorías tanto provinciales como regionales, principalmente 1ª y 2ª regional, debutando en esta segunda categoría según aparece reflejado en el anuario oficial de la RFEF del año 1942, obteniendo su primer título como campeón provincial en la temporada 1945-46 con la recordada alineación formada por los Cuesta, Mateo, Zapata, Fernández, Villanueva, Reyes, Pérez, Perico, Hilario, Natalio y Ortega, equipacion barça 2023 un once que los aficionados veleños se sabían de memoria.
