El club ser encuentra asentado en la tercera división en las cuales ha conseguido terminar en dos ocasiones entre los siete primeros puestos, después de su último ascenso. La mejor clasificación en la historia del club, en la tercera división data de la temporada 1999/2000, cuando La Bañeza F.C, terminó en segunda posición, consiguiendo de esa manera, clasificarse para la liguilla de ascenso a 2 B, ascenso que logró finalmente la A.D Alcorcón.
