Con el partido ganado, clasificaron a la segunda fase. En la segunda fase derrotaron en los cuartos de final, en un resultado histórico para el equipo derrotaron 3-1 a las Chivas del Guadalajara y en el partido de vuelta empataron 1-1. En las semifinales perdieron lastimosamente 2-1 contra el D.C. United en una serie de un solo partido. Luego jugarían por el tercer lugar del torneo, en el cual perdieron contra el Saprissa 3-1 y se quedaron en el cuarto puesto del torneo.
