En ese mismo torneo sufrieron la baja de Salvador Cabañas debido a una herida por arma de fuego en la cabeza el 25 de enero de ese año. En el Clausura 2011 apenas en la jornada 3 Lapuente fue separado nuevamente del club, para ocupar ese puesto regresó Carlos Reinoso quien no dirigía a las Águilas desde el Invierno 1998; lograron llegar hasta cuartos de final donde los eliminó Morelia.
